Será competente o Tribunal de Justiça, conforme artigo 96, III, da Constituição Federal. A regra segue o raciocínio de que o tribunal competente é aquele perante o qual oficia a autoridade.
O artigo 96, em seu inciso III determina que:
Art. 96 - Compete privativamente:
III - aos Tribunais de Justiça julgar os juízes estaduais e do Distrito Federal e Territórios, bem como os membros do Ministério Público, nos crimes comuns e de responsabilidade, ressalvada a competência da Justiça Eleitoral.
Numa leitura seca da norma supracitada, o leitor pode incidir num erro bastante comum: considerar o TJ/DF competente para julgar os membros do MP/DF. No entanto, como ressalvado na própria questão, os membros do MP/DF integram o MPU (Ministério Público da União), o que evidencia que a competência para julgá-los não é do Tribunal de Justiça, mas sim, do TRF (Tribunal Regional Federal).
Esse é o entendimento firmado pelo STF. É o que se extrai, por exemplo, do Informativo 412.
HC contra Ato de Membro do MPDFT: Competência
Compete ao TRF da 1ª Região, com base no art. 108, I, a, da CF, processar e julgar, originariamente, os membros do Ministério Público do Distrito Federal e Territórios que atuem em primeira instância. Com base nesse entendimento, a Turma reformou acórdão do Tribunal de Justiça do Distrito Federal e Territórios que afirmara a sua competência para processar e julgar habeas corpus em que a coação fora atribuída a membro do Ministério Público daquela unidade da federação. Inicialmente, salientou-se a orientação firmada pelo STF no sentido de que a competência para o julgamento de habeas corpus contra ato de autoridade, excetuado o Ministro de Estado, é do Tribunal a que couber a apreciação da ação penal contra essa mesma autoridade. Asseverou-se que o MPDFT está compreendido no MPU (CF, art. 128, I, d) e que a Constituição ressalva da competência do TRF somente os crimes atribuíveis à Justiça Eleitoral, não fazendo menção a determinado segmento do MPU, que pudesse afastar da regra específica de competência os membros do MPDFT. Rejeitou-se, portanto, a incidência da regra geral do inciso III do art. 96, da CF, com a conseqüente competência do Tribunal local para julgar o caso concreto. Ressaltando que, embora se reconheça a atuação dos Promotores de Justiça do DF perante a Justiça do mesmo ente federativo, em primeiro e segundo graus, similar à dos membros do MP perante os Estados-membros, concluiu-se que o MPDFT está vinculado ao MPU, a justificar, no ponto, tratamento diferenciado em relação aos membros do parquet estadual. RE provido para cassar o acórdão recorrido e determinar a remessa dos autos ao TRF da 1ª Região. Precedentes citados: RE 141209/SP (DJU de 10.2.92); HC 73801/MG (DJU de 27.6.97); RE 315010/DF (DJU de 31.5.2002); RE 352660/DF (DJU 23.6.2003); RE 340086/DF (DJU 1º.7.2002). RE 418852/DF, rel. Min. Carlos Britto, 6.12.2005. (RE-418852)
Do que se vê, a norma que se aplica ao caso em comento é o artigo 108, I, "a" da CF, segundo o qual "compete aos Tribunais Regionais Federais processar e julgar, originariamente os juízes federais da área de sua jurisdição, incluídos os da Justiça Militar e da Justiça do Trabalho, nos crimes comuns e de responsabilidade, e os membros do Ministério Público da União, ressalvada a competência da Justiça Eleitoral".
Entende-se que os membros do MP/DF pertencem aos quadros do MPU, e, sendo assim, quando em primeira instância, oficiam perante o TRF (Tribunal Regional Federal), que possui competência para processá-los e julgá-los. E, em consonância com entendimento pacífico do STF, trata-se de competência do TRF da 1ª Região.